Les activités humaines ont dégradé certains éléments de biodiversité, pour lesquels des efforts de restauration sont nécessaires. La préservation des écosystèmes terrestres et marins et la restauration de ceux qui sont pollués, fragmentés ou perturbés doivent être une priorité.
Cette dégradation des écosystèmes et des habitats naturels et semi-naturels qui les composent constitue un facteur majeur de l’érosion de la biodiversité. À l’inverse, une politique d’amélioration des habitats constitue une option efficace pour assurer le fonctionnement des écosystèmes. Ce fonctionnement est essentiel car il conditionne la production de nombreux services utiles à l’homme : régulation du climat, épuration des eaux usées, pollinisation... Préserver et restaurer les écosystèmes passent par des engagements quantitatifs et qualitatifs. Il s’agit de se donner l’ambition de préserver les écosystèmes en quantité, c’est-à-dire en superficie, et en qualité, c’est-à-dire en veillant à leur fonctionnalité, en particulier en réduisant leur fragmentation car celle-ci diminue considérablement leur capacité à s’adapter et à fournir des services. Il faut également développer et promouvoir l’ingénierie écologique qui utilise, en les respectant, des fonctions des écosystèmes.