Pour appréhender les capacités de réponse de la biodiversité aux changements planétaires et locaux, il est nécessaire d’approfondir les connaissances qui sont aujourd’hui encore très lacunaires. Ces dernières doivent porter sur l’état de la biodiversité et les mécanismes impliqués dans sa dynamique, sa résilience et son renouvellement, dont l’adaptation, ainsi que sur les activités humaines qui interagissent avec elle. Les connaissances disponibles sont encore insuffisantes, souvent dispersées et peu accessibles aux nombreux acteurs : structures de recherche, associations, entreprises, collectivités, etc. Un effort de recherche destiné à compenser ces lacunes de connaissances est indispensable. De nouveaux questionnements correspondant à des enjeux de société majeurs conduisent à repenser la manière dont les connaissances sont produites.
Il est nécessaire de promouvoir les synergies pluridisciplinaires et multi-acteurs afin de faciliter les questionnements
réciproques et la co-construction des réponses entre sciences et société (par exemple, en réalisant des prospectives basées sur des scénarios pour construire les stratégies de recherche). Le suivi et la gestion des connaissances s’appuient sur une coordination renforcée des diverses sources et un accès facilité aux données produites (notamment grâce à la coordination des systèmes d’observation), le développement de moyens adaptés d’expérimentation (sites d’étude permanents), d’analyse et de méta-analyse dans un cadre pluridisciplinaire (des sciences naturelles jusqu’aux sciences humaines et sociales, en passant, entre autres, par la chimie et les mathématiques).